Weil den Hamburgern die Altstadt rund um die heutige Hauptkirche St. Petri (Mönckebergstraße) zu eng wurde, gründeten sie 1021 die "Neue Burg" auf der anderen Seite des damaligen Alsterflusses, dem heutigen Nikolaifleet. Hier wurde auch der Hafen gebaut. Die Besiedlung der Halbinsel kam allerdings erst in Gang, als Graf Adolf III. von Schauenburg 1188 den Bürgern umfassende Handelsrechte zugestand. Rund 300 Gläubige fasste die St. Nikolai-Kirche seinerzeit.
Nach dem Großen Brand von 1842 wurde die alte Kirche mitsamt den umliegenden Häusern abgerissen. Sie stand auf mehreren hundert Erlen-Pfählen. Weil der Boden hier sehr feucht ist, sind sie noch gut erhalten. Dies ermöglicht heute eine Datierung aufs Jahr genau. Über die Geschichte des mittelalterlichen Nikolai-Quartiers informiert derzeit eine archäologische Ausstellung im Museum unter dem Mahnmal.
Vier Jahre nach dem Großen Brand wurde beschlossen, eine neue prachtvolle Hauptkirche zu bauen. Der Bau aus Sandstein und Marmor im neugotischen Stil war für die traditionelle Hamburger Backstein-Architektur seinerzeit eher ungewöhnlich. 1874 war der 147 Meter hohe Nikolai-Turm fertig. Drei Jahre lang war er der höchste Turm der Welt, dann übernahm die Kathedrale von Rouen den Superlativ.
Während der Bombenangriffe auf Hamburg 1943 wurde St. Nikolai stark beschädigt. Die Hauptkirche hätte, wie die anderen vier auch, wieder aufgebaut werden können. Doch weil St. Nikolai ihre Innenstadtgemeinde durch Bürobauten weitgehend verloren hatte, wurden die Kirchenmauern 1951 bis auf den Chor abgebrochen. Mit dem Hamburger Sinn fürs Praktische wurde ein Teil der Steine zur Befestigung des Elbufers genutzt. Über 30 Jahre lang verhandelten Kirche und Stadt, ehe am 21. Juli 1977 die Nikolai-Ruine offizielles Mahnmal für die Opfer von Krieg und Gewaltherrschaft wurde.
Die Gemeinde hatte sich mittlerweile eine neue Bleibe in einem Wohngebiet gesucht. 1962 wurde die neue Hauptkirche mit ihrem charakteristischen Nadelturm nach zweijähriger Bauzeit am Klosterstern in Harvestehude eingeweiht. Die Steine des Taufaltars, eine Christusfigur und eine Ansgar-Statue, stammen aus der alten Nikolaikirche. Von 1964 bis 1986 war sie Bischofskirche, ehe dieser Ehrentitel an St. Michaelis ging.
Der Festgottesdienst zum 825-jährigen Jubiläum (11 Uhr) kann auch als Video verfolgt werden. Predigen wird Hamburgs Bischöfin Kirsten Fehrs. Für die Musik sorgt Anne-Katrin Gera am Flügel. Die Orgel wird derzeit komplett erneuert.