Der 52-jährige Theologe folgt auf den Alttestamentler Markus Witte, wie das Institut am Dienstag in Berlin bestätigte. Witte hatte die Institutsleitung bereits im Januar niedergelegt. Die Aufgabe übernimmt Markschies kommissarisch, da derzeit über neue Modelle der institutionellen und inhaltlichen Ausrichtung der kirchlichen Einrichtung nachgedacht wird.
Markschies ist seit 2004 Professor für Ältere Kirchengeschichte an der Humboldt-Universität, an die das Institut seit 1994 angegliedert ist. Von 2006 bis 2010 war er Präsident der Humboldt-Universität. Markschies ist zudem Vorsitzender der Kammer für Theologie der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD).
Das Institut Kirche und Judentum wurde 1960 an der damaligen Kirchlichen Hochschule in West-Berlin gegründet. Das Institut ist ein Werk der Evangelischen Kirche in Berlin-Brandenburg-schlesische Oberlausitz. Lange Zeit hatte das Institut seinen Sitz im Berliner Dom, inzwischen ist es in den Räumen der Theologischen Fakultät angesiedelt. Schwerpunkt der Arbeit des Instituts sind die Grundfragen des christlich-jüdischen Verhältnisses sowie die Erforschung des Judentums aus christlicher Sicht.